Церковь была основана в 1992 году группой из 45 человек, в этом же году сотоялось первое крещение. В качестве материнской выступила Иркутская центральная церковь ЕХБ.

В 1996 году в центре города был приобретён участок и вскоре построено небольшое здание 10х15 метров. Церковь росла и здание постепенно перестало вмещать всех прихожан. Были организованы два служения, но иногда людям приходилось на улице стоять. В итоге было принято решение строить новый дом молитвы. Над существующим зданием надстроили два этажа и расширили его площадь.

Последнее время богослужения проходили в здании Центральной Иркутской церкви ЕХБ в 16:00

Сегодня в Иркутской библейской церкви «Преображение» около 200 членов, а пасторами церкви являются Виктор Зайцев – региональный заместитель Председателя Российского Союза ЕХБ по Дальнему Востоку, Фёдор Василюк, Сергей Митюков

Чтобы поздравить церковь с важным событием съехались гости: Павел Гагельганс и Розенов Александр - представляющие «Библейскую миссию», Алексей Сарапулов - пастор из Читы, Александр Литвинов - старший пресвитер церквей ЕХБ Иркутской области, Александр Кислов - пастор центральной церкви ЕХБ г. Иркутска

Торжественное богослужение в новом здании объединило праздник Рождества и освящение дома молитвы. Виктор Зайцев проповедовал о Рождестве Иисуса Христа, а проповедь Павла Гагельганса была посвящена церкви. Торжественную атмосферу праздника искусно поддерживал церковный хор. На собрании присутствовало около 300 человек.

В настоящее время в Иркутске несут служение три церкви евангельских христиан-баптистов: Центральная церковь ЕХБ (ул. Кайская д.5), Библейская церковь «Преображение» (ул. Партизанская д.42), Церковь ЕХБ «Новый Завет» (Академическая ул.56/3) – дочерняя от церкви «Преображение.